In Südamerika des 18. Jahrhundert bekämpfen sich Spanien und Portugiesen um die koloniale Vorherrschaft. Gleichzeitig versuchen die Jesuiten den indianischen Ureinwohnern ein menschliches Leben unter Gottes Obhut zu verschaffen. Doch die Kolonialmächte halten die Indios eher für jagende Tiere als für Menschen, ein blutiger Kampf steht bevor...

In Südamerika im 18. Jahrhundert wütet ein erbitterter Streit um die koloniale Vorherrschaft zwischen den Spaniern und den Portugiesen. Nicht bedacht werden dabei die eigentlichen indianischen Ureinwohner, die oberhalb der großen Wasserfälle leben. Die Jesuiten haben es sich zur Aufgabe gemacht, die dort lebenden Indianer mit vereinten Kräften zu Gott zu bekehren, auch um ihnen ein menschlicheres Leben zu ermöglichen. Mit an deren Front und gleichzeitig als Bewerber zur Zulassung zum Jesuiten-Orden kämpft Rodrigo Mendoza (Robert de Niro), der im Konkurrenzkampf um eine Frau mit seinem Bruder Felipe (Aidan Quinn) diesen getötet hat. Dieses einschneidende Erlebnis hat ihn dazu bewegt, ab sofort für den Rest seines Lebens Buße zu tun und sich in den sozialen Dienst der Kirche zu stellen.

An der Spitze des Jesuiten-Ordens steht allerdings Vater Gabriel (Jeremy Irons), auf dessen Anweisung hin oberhalb der Wasserfälle eine Mission für die Menschen errichtet wurde. So gelingt es Stück für Stück, die Vorurteile der Indios gegenüber den westlichen Mächten abzubauen und sie gleichzeitig zu Gott zu bekehren. Doch den Kolonialmächten ist das recht egal, sie denken nur an ihre eigenen Vorteile. Sicher ist die Mission nämlich nur so lange, wie sie sich auf spanischem Hoheitsgebiet befindet. Doch dem portugiesischen Befehlshaber Cabeza (Chuck Low) sind die Indios eher ein Dorn im Auge, er hält sie für gefährliche und bestialische Tiere. Problem an der Sache ist gerade, dass nun der Übergang der Gebiete oberhalb der Wasserfälle an die Portugiesen ansteht. Als dies nicht mehr zu verhindern ist, entscheiden sich die Missionsbertreiber dazu, dem Orden den Rücken zu kehren und die Menschen zu unterstützen. Gemeinsam mit ihnen bereiten sie sich schließlich auf einen blutigen Kampf gegen die brutalen Kolonialtruppen der Griechen vor...

Gibt es schließlich doch noch eine friedliche Lösung für die Menschen oberhalb der Wasserfälle? Oder werden die Kolonialisten aus Portugal wirklich auf einen blutigen Kampf bestehen? Was wird aus der Mission mitten im Urwald?

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